Не - не е лошо. В конкретният случай ти препоръчвам да направиш редирект от всички 404 грешки (това ще са страите страници на сайта, които вече ги няма) към домейна - по този начин ще си спасиш голяма част от ранкиранията в търсачките, при условие, че тематиката на сайта се запази и това не бъде отчетено като спам. А как ще ти повлияят - ами гледай числото да е по-голямо - колкото повече - толкова по-добре, освен ако линковете не са от т. нар. bad neighborhood - "лош квартал" - тоест сайтове спамващи търачките, нарушаващи правилата им и т.н., защото тук напълно дейста поговорката "покрай сухото гори и мокрото".
Поправка към предният пост:
Сайт Чекера не връща грешни резултати, просто аз съм с професионално изкривяване

Понятието "брой беклинкове" меже да се разглежда по два начина:
Брой линкове (като бройка)
Брой линкове (като качество)
Защо има разлика?
Представете си, че имате сайт и пишете във форум, като сте сложили линк към сайта ви във сигнатурата във форума, в който пишете. Написали сте 2500 мнения (да кажем) - това са 2500 линка към сайта ви, но от SEO гледна точка - за Google това се разглежда като само един линк - спомнете си правилото на търсачките - "Един домейн - един линк - един глас"(Което междо другото скоро Google ще променят драстично). Та в първият случай имате 2500 линка, а във втория само един.
Защо се получацва объркване в каунтърите?
(почти) всеки каунтър на линкове работи по следният начин : Задава търсене с оператор link или linkdomain и парсва информацията за броя резултрати, която връща съответната търсачка, но тук идва и проблема - всяка търсачка връща да кажем 19600 резултата (както беше в горният случай), но ако започнете да браузват през СЕРПовете (страниците с резултати) ще откриете, че да кажем на 7ма или 8ма страница резултатите свършват като ви се предлага второ търсене с всички пропуснати резултати. Тези "пропуснати резулати" всъщност са "supplimental results" или допълнителни (повтарящи се) резултати - в примера с форума и 2500 мнения, Google Или Yahoo ще изберат едно от тези мнения и линка в него, а останалите 2499 ще ги сложат в supplimental. Те реално нямат никаква стойност за SEO.
Как се решава този проблем?
Вместо чекера да парсва броя резултати, да пусне каунтър за параметъра тайтъл и да обходи СЕРПовете - след това да върне броя - по-бавно, но реално. И пак казвам - зависи за какво го ползвате - за да видите колко страници линкват към вашата или за да видите колко домейна линкват към вас - вторият случай се ползва при оптимизация.