Ползата от include(); е в 2 насоки:
1) обелкчава твоята работа:
код, който се повтаря в няколко скрипта може да бъде написан и съхранен в един файл, а да се зарежда от всички скриптове, в които е необходим. Така, ако се налага редакция, редактираш 1 файл, а промяната се отразява навсякъде.
2) позволява да разтовариш процесите на сървъра:
имаш блокове от код, които се изпълняват от основния скрипт само при особени случаи. Тогава извеждането на този код и включването му при изпълнено условие спестява ресурс при парсването. Ако е в основния файл този код дори да не се изпълни при извикването на скрипта все пак ще трябва да се обработи от парсера.
Погледни и за другата конструкция - require();
Иначе trevata е прав в съвета си. Много често разделянето на кода зависи от маниера на работа, отколкото от практически причини.
Моят съвет би бил на първо време да опиташ да разделиш ХТМЛ-а от логическия код. Това ще ти спести най-много работа и ще направи скриптовете ти пригледни.
Дано съм те ориентирал!