UPDATE `table` SET `pole` = replace(`pole`, '<br />', '\n')
След това nl2br ще го прилагаш когато извеждаш текста на страницата.
А има и друг вариант, когато извеждаш текста за textarea-та:
SELECT REPLACE(`pole`, '<br />', '\n') as replaced, * FROM `table`
И после използваш replaced като ключ за масива