Най-вероятно са от онези frame-ове.
Прегледай си сорса на страниците и ако има някакви съмнителни редове просто ги изтрий.
След което задължително смени паролата за влизане чрез FTP-то.
И а зсе сблъсках с това. Махаш скрипта на вируса от всички страници, променяш паролата за FTP, пускаш скан на компа си, или премахваш съмнителни програми/папки. Успех :?: