Обнови си версията на ЦМС - са, възможно е да се премахнали тази дупка.
http://developer.joomla.org/security.html
Другото което е, трябва да октриеш този JS код в таблиците и да го премахнеш, защото ще продължи да действа, дори след ъпдейт на ЦМС - са. Само при викане на това поле от PHP и принтирането на информацията ще се задейства. Такаче започваш да оглеждаш таблиците.
Друго което правиш е, да си огледаш цялата ОС за вируси, най - добре е пренсталация на ОС - то. Сменяш всички пароли на ФТП - то на хоста и на администраторския ти панел. Всичко това го правиш след като си сигурен, че сайта е чист като сълза, защото вируси влизат също и през FTP клиентите.
Тоест чистиш сайта, ама да си сигурен, че е чист. Излизаш от акаунтите, преинсталираш, сменяш паролите, както ти казах и така.
А това, че си сменил хоста, че си вече на суперхостинг е много добре.

)))
Дори най - добре чистенето на сайта + смяната на паролите е да го направиш под някое LIVE CD на линукс примерно дис. убунту. И разбира се веднага прейнсталция на ОС без да влизаш в ОС - то, тоест рестарт на ПС -> Боот на уин и т.н. Най - добрият вариант пък е да минеш на линукс.

)))