Има една функция, която можеш да използваш под Linux:
http://us3.php.net/manual/en/function.ftp-ssl-connect.php
Ако искаш да използваш Secure SSL под бозата ще трябва или да си компилираш сам PHP или да използваш някой command-line тул, който поддържа SSL.
Мисля, че правилното е ftps, а порта е 990.