Използвай z-index за да слжиш флаша под дива
На флаша слагаш z-index примерно слагаш 1 а на дива който закрива целия сайт му слагаш 500
Не забравяй че z-index работи само на позиционирани обекти с position absolute relative или fixed
С z-index и различни видове позиционирания не може да стане, защото браузъра прави отделен прозорец за флаш анимациите, нещо като iframe.
И този прозорец стои на най-преден план. Не може да му се задава z-index!
Затова направи както е казано в линка, даден от @marian, задай wmode aатрибут на анимацията да е transparent ! Това ще реши проблема ти