Поразрових се и намерих, че чрез .vbs, java, python е възможно да стане, но не успях да открия как е възможно, чрез PHP.
Тук коментират за vbs:
http://stackoverflow.com/questions/2527269/any-tool-to-convert-bulk-php-files-to-utf-8-without-bom
Както и тук:
http://stackoverflow.com/questions/4125778/unicode-to-utf-8
Тук е за java:
http://www.rgagnon.com/javadetails/java-handle-utf8-file-with-bom.html
Тук е python:
http://stackoverflow.com/questions/8898294/convert-utf-8-with-bom-to-utf-8-with-no-bom-in-python?rq=1
Може би ако намериш начин как файла да го препратиш към някой от дадените (предварително нагласени) софтуери да го запишат по този начин, ще стане.
Ако успееш, може да пуснеш отговора. : )
EDIT:
Ето какво открих за Python и PHP:
http://stackoverflow.com/questions/3084303/is-it-possible-to-use-python-with-php
http://stackoverflow.com/questions/166944/calling-python-in-php
http://www.csh.rit.edu/~jon/projects/pip/