Няма никакъв смисъл да променяш keywords, защото те са за търсещите машини, а там не се изпълнява js => по-никакъв начин няма да се отрази на SEO-то на сайта ти. Иначе нещо от подобно би трябвало да работи:
$(function(){
$('meta[name=keywords]').attr('content', 'word1, word2');
});