Всъщност го ползват за по-кратко Ако се заредят едновременно така или това ще доведе до грешки. За да няма такива се ползва jQuery.noConflict(), което всъщност променя namespace-а и $ вече не е jQuery функция, а _$ я замества.
С jQuery.prototype можеш да добавяш методи към jQuery обектите. Позлва се за писане на плугини. Ако ти е интересно разгледай обектно-ориентираното програмиране в JavaScript.